Grupos que perseguía la inquisición

El santo oficio persiguió a los siguientes grupos: 

Herejes: Eran las personas que tenían opiniones o creencias contrarias a la doctrina difundida por Cristo y resguardada por la iglesia católica.

Judíos:  Los llamados judaizantes o marranos guardaban, ante la represión, una vida religiosa doble: públicamente eran católicos que participaban de los ritos de la iglesia y en lo privado hacían sus rituales judíos. Con la invasión a América, muchos judíos migraron en busca de una mejor vida. La iglesia y la inquisición no podían juzgar a los judíos para procesarlos, tenían que haberse convertido al catolicismo previo al bautizo. 

Moriscos: Conocidos también como los mahometizantes, así como los judíos, llevaban una vida religiosa doble, pero la religión que profesaban era la musulmana.

Protestantes: En cuanto a los protestantes o luteranos, eran también perseguidos, ya que la prédica que hacían iba en contra de la organización eclesiástica, de los principales dogmas católicos y de las tradiciones de la iglesia.  Se sabe que algunos protestantes incitaban a asesinar a los fieles católicos, como ocurrió en Francia con las guerras de religión. 

Místicos: También conocidos como los alumbrados, eran hombres y mujeres que hacían sus reuniones, al igual que en los casos anteriores, de forma clandestina. Combinaban las exigencias del ascetismo con desbordes de sensualidad.

Otros: Eran delitos también perseguidos por el tribunal del santo oficio la blasfemia, es decir, las afirmaciones injuriosas contra Dios, la virgen y los santos; la bigamia, que no es otra cosa que contraer nupcias por segunda vez sin haber disuelto legalmente el primer matrimonio, en ese entonces imposible, salvo de viudez o casos especiales;  y la superstición, dentro de lo cual entraban quienes practicaban la brujería, la adivinación, la idolatría, entre otras.