La iglesia católica en el Perú fue y es una institución profundamente jerarquizada y vertical. Encabezada por el Papa, residente en Roma, era gobernada por la jerarquía eclesiástica, compuesta por los arzobispos y obispos, y a través de un clero de dos clases: Clero regular y Clero secular. El primero estaba constituido por los sacerdotes de las órdenes religiosas que hacían vida de comunidad en los conventos y los segundos por lo que no hacían vida de comunidad en los conventos y no pertenecían a una orden religiosa.
El territorio fue dividido en jurisdicciones o provincias eclesiásticas, estableciendo en ellas arzobispados, obispados y curatos.
Arzobispados: Eran las máximas autoridades de las provincias eclesiásticas. El primer arzobispo fue el de Lima, habiendo sido fray Jerónimo de Loayza, sacerdote dominico y el segundo arzobispo fue Santo Toribio de Mogrovejo, considerado el organizador de la iglesia peruana; ambos realizaron obras de bien social. Posteriormente fue elevado a la categoría de arzobispado la diócesis de Chacras (actual Bolivia).
Obispados: Los obispados, que constituían propiamente las provincias eclesiásticas, fueron los siguientes: el del Cusco, Arequipa, Trujillo y Huamanga; además de otros ubicados fuera del actual Perú, pero que por aquellos tiempos pertenecieron, inicialmente, al arzobispado de Lima y, así mismo, al virreinato del Perú.
Curato o parroquias: Estaban a cargo de los sacerdotes o curas (los que curan las almas), y constituían propiamente los distritos eclesiásticos, desempeñados mayormente, por sacerdotes criollos y mestizos, se hallaban radicados en los pueblos donde se encargaban de difundir las enseñanzas católicas y la administración de los sacramentos (bautismo, eucaristía, confirmación, penitencia, matrimonio, etc.) Se les llamaba curas o párrocos y a las iglesias que ellos regían "iglesias parroquiales" o parroquias. En muchas de éstas se impartían conocimientos, es decir, se dedicaban a la enseñanza elemental.
La iglesia disfrutó de rentas para su sostenimiento y de singulares prerrogativas o privilegios. Entre las rentas figuraban:
- Los diezmos, impuesto que consistía en la entrega que los particulares tenían que hacer, de la décima parte de los frutos de la tierra y de los ganados.
- Las donaciones en dinero o en propiedades y los legados testamentarios (en favor de la iglesia y de obras de caridad).
- Los derechos parroquiales (bautizos, matrimonios, misas, limosnas, etc.)
Entre sus prerrogativas, la iglesia se hallaba exonerada de todo gravamen o contribución que pesaba sobre los particulares, es decir, que no pagaban impuesto alguno al Estado.