Las órdenes religiosas

Fueron organizaciones de la iglesia católica que, bajo la advocación de un santo, tuvieron como tarea el adoctrinamiento de los indígenas dispersos por todo el territorio. Todas ellas fundaron conventos y monasterios, edificando hermosas iglesias en Lima y otras ciudades del Perú. Las órdenes religiosas que llegaron fueron las siguientes:

Los Dominicos: Fue la primera en llegar al Perú con Fray Vicente Valverde en 1532, que fue considerado el primer Obispo del Perú. Su primer convento lo construyó sobre el templo Inca  del Coricancha (Cusco); fundó en Lima la Universidad de San Marcos (1551) e implementó inicialmente el tribunal de la santa inquisición. Destacó por su defensa a los pobladores andinos, siguiendo la lucha del fraile dominico Bartolomé de las Casas, y por su gran valor de adoctrinamiento de las poblaciones indígenas. Los dominicos fueron los primeros en estudiar la lengua quechua. 

Los Franciscanos: Llegaron al Perú en 1533, dedicándose especialmente a las misiones, es decir a la difusión del catolicismo al interior del país. Llegó a instalar conventos en Arequipa, Huamanga, Trujillo, Chachapoyas, etc. Construyeron el convento de Ocopa, en Huancayo. Fue una de las órdenes que más trabajó con misiones las inhóspitas regiones de la Amazonía. 

Los Mercedarios: Se establecieron en el Perú en 1533 y su centro de operación fue la ciudad de Lima. Explotó bienes inmuebles incursionando en las haciendas y otros tipos de negocio como repartimientos y encomiendas. Logró controlar a la santa inquisición desde mediados del siglo XVIII.

Los Agustinos: Vinieron en 1551 instalándose en Lima y en varias partes del Perú, esencialmente en los Andes, extendiéndose inclusive hacia el Alto Perú. Tomaron a su cargo el célebre santuario de Copacabana, a orillas del lago Titicaca, al partir del cual predicaron con gran eficacia la doctrina católica a las poblaciones indígenas del sur andino. 

Los jesuitas: Arribaron al Perú en 1568, como una organización moderna y poderosa, al servicio de la contrarreforma, es decir a la lucha contra los protestantes europeos. Con este antecedente, tuvo gran empuje en su labor misional en el Perú, asumiendo con gran éxito la administración de haciendas y fundando multitud de colegios, también incursionaron en el estudio del quechua y del aymara. Con los años, esta orden adquirió gran prestigio  e influencia en los ámbitos políticos, culturales y económicos. 

Los jesuitas fueron expulsados de España y sus colonias por orden del monarca Carlos III (1768), preocupado por el poder que tenía y las posiciones sobre las libertades políticas que dejan entrever. Esto constituyó un duro golpe para la cultura y la economía del virreinato.