Hubo una enorme confusión para designar al nuevo Inca, cuanto gran parte de los hijos de Yahuar Huacac acababan de ser muertos. Pero pasado el estupor, dudas y debates; la propuesta de una mujer determinó que se estableciera como nuevo Inca a Jatun Topac. No era hijo de Yahuar Huacac, pero pertenecía al partido de los anan, lo que aseguraba la continuidad del supremo poder en el citado sector social. De todos modos fue una cosa aconsejable presentarlo como hijo para no dañar la imagen del señorío Inca. Así es como quisieron borrar las huellas de la sublevación y del magnicidio.
El Cusco seguía siendo un pequeño cacicazgo minúsculo, rodeado de otros más extensos y poderosos que no disimulaban sus ansias expansionistas y hegemónicas. Entre ellos destacaban los reinos Lupaca, Colla
(Puno), Chanca (Apurímac), aparte de los de Chincha, Collique (Chancay), Chimor, Ayarmaca y otros.
Jatun Topac recibió la borla con el nombre de Huiracocha (Wiragocha Inka), escogió ese nombre para afirmar su gobierno, como lo haría Atawallpa en 1532. Aseveraba haber soñado con el dios Ticsi Huiracocha, bajo cuya protección se puso durante el huarachico (rito festivo de la madurez del hombre). Con tal apelativo pretendía dar fuerza y renombre a su reinado, aparentando ser pariente del gran dios. A dicha ceremonia aparecieron la integridad de los jefes de los ayllus y señoríos que ya tenían conquistados. Incluso concurrió como invitado especial el rey de jatuncolla: Chuchi Cápac.
Tomó como cónyuge principal a Mama Runto, hija del señor de Anta, en quien engendró, entre otros, a Cusi Yupanqui (Pachacútec), que fue el tercero en nacer y a Cápac Yupanqui. Mama Runto a causa de su carácter cordial no podía influenciar sobre su marido a diferencia a otras mujeres secundarias que sí lo hacían. Entre ellas: Curi Chulpi, del ayllu Ayavilla (Sahuasera), en la que procreó a su hijo Urco, joven al que Huiracocha le tenía un entrañable afecto; Huiracocha no daba ninguna preferencia a los vástagos de su esposa principal.
Conquistó Yucay y Calca, que los anexó con facilidad. En Calca mandó erigirse un cómodo y hermosa residencia; pero no pudo imponer una férrea autoridad. Tuvo que hacer frente a una pequeña irrupción de Pocoy Pacha (Pisaj) a 18 Kilómetros del Cusco. Logró dominar los motines de los pinaguas de Muyna, a los que se plegaron Rondocancha y Casacancha. Después sofocó los ataques de los ayarmacas y guayparmarcas, todo gracias a la labor represiva de los estrategas Vicaquirao y Apo Mayta. Son hechos que demuestran la evasiva de aceptar la presencia y superioridad que iba adquiriendo poco a poco la etnia Inca. Cuando ocurrían estos acontecimientos, con el propósito de adueñarse del mando, un hermano del extinto Yahuar Huacac tramó una conjura en el templo del Sol en complicidad de los Urincusco. Asesinaron al incap rantin (sustituto del inca ausente); pero ante el escaso apoyo de la población, el conspirador pensó que lo mejor era suicidarse ingiriendo un veneno.
Para Huiracocha fue una permanente inquietud la contradicción del Inca de Urin, a cuyo cargo corría el templo Solar y que desde Inca Roca había perdido la jerarquía política y militar. Huiracocha decidió resolver este problema designando él mismo a los sumos sacerdotes, aunque siempre sacándolos del ayllu Tarpuntae (Urin), previa comprobación de lealtad. Esto dio motivo para que el sacerdocio, con la idea de hacer prevalecer sus opiniones, llegara a confabularse con los chancas, quienes amenazaban con invadir y conquistar no sólo a los ayarmacas sino también a la etnia Inca.
A pesar de las amenazas de invasión Huiracocha dirigió la edificación de nuevos aposentos, aumentó las tierras de cultivo y la manufactura de textiles, productos que necesitaba para compesar los servicios de sus guerreros, servidores, amigos y parientes. Agrandó las arboledas y puso gran cuidado para que los trajes de la nobleza tuvieran tocapus (adornos geométricos de índole simbólica).
Conquistó a los Canchis tras débil resistencia; en Cacha hizo construir un templo dedicado al dios Ticsi Huiracocha Pachayacachi; mientras tanto los collas y lupacas se fortalecían en sus sedes, sin enfrentarse mutuamente unos a los otros por muto temor. Pero Huiracocha apoyaba a los lupacas; hizo un viaje y visitó a éste último reino aymara, durante cuyo tiempo dejó en el Cusco a Urco en calidad de incap rantin. Y llegó al reino libre de Jatuncolla (o Colla), al que lo halló esta vez en guerra con los lupacas, llegando a ganar éstos. Asegurándose la amistad y confianza de ambos estados volvió al Cusco. Quedaron establecidas las relaciones pacíficas con los collas y lupacas.
A su retorno del Collasuyo, entrado ya en años, fue entonces que decidió descansar y retirarse a su mansión de Calca; Huiracocha designó a Urco su sucesor otorgándole la Mascaipacha; en tanto que su hijo Socso o Sucso fue señalado como jefe del linaje de Huiracocha: Sucso Panaca.
El Cusco continuaba siendo un pequeño señorío, circundado de otros más poderosos; el gran problema del Cusco era la amenaza permanente de los chancas, los cuales ya habían anexado otros pueblos y se iban expandiendo cada vez más. Por el Este sus fronteras llegaban ya al río Apurímac, donde esperaban la coyuntura apropiada para invadir a los ayarmacas e incas del Cusco, con el deseo de incorporarlos a sus dominios.
Su cuerpo fue enterrado en su residencia de Cakia Xaquixaguana, dicho cuerpo de este Inca fue profanado y quemado por Gonzalo Pizarro que robó sus ofrendas funerarias y tesoros; Polo de Ondegardo encontró solamente las cenizas de su cuerpo con su ídolo llamado Inga Amaro.
