Una vez entregado Pachacuti liderazgo militar a su hijo Tupac Yupanqui, dedicó su tiempo a la reconstrucción de Cuzco. Él quería que la ciudad a presentarse como un símbolo de poder Inca y habilidad, y se imaginó una ciudad que se convertiría en un modelo de la arquitectura, la planificación y la construcción.
Puesto que la ciudad está a unos 11.680 pies sobre el nivel del mar, los proyectos de construcción fueron muy difíciles para los trabajadores. El más alto en las montañas, menos oxígeno hay en el aire, lo que dificulta la respiración. Los inviernos son fríos, y la construcción de piedra requiere de millones de horas de trabajo. Cuando los españoles llegaron en 1532, el centro de Cuzco incluía unos 4.000 sólidamente construido estructuras de piedra, con gran parte de ese trabajo realizado en tan sólo 60 años.
El plan de la ciudad tomó la forma de un puma, un animal muy admirado por la cultura Inca por su fuerza y astucia. La forma de puma de Cuzco todavía se puede ver en las fotos tomadas desde aviones. A la cabeza del puma, Pachacutec construyó el templo-fortaleza de Sacsahuamán. En el centro, palacios reales y enormes plazas públicas tomó forma. En la cola, había casas nobles y el templo central, el Coricancha.
La ciudad tenía una alcantarilla y complejo sistema de agua, construido con piedra bordeadas de zanjas. El agua dulce se ha elaborado a partir de cerca de los ríos Huatanay y el Tullamayo-la que los ingenieros incas habían desviado por canales de construcción. Los ingenieros también construyeron pozos a las aguas termales debajo de la tierra para proporcionar baños de agua caliente para la realeza.
La ciudadela (una fortaleza mayor) de Sacsahuamán brindó protección de varias maneras. Se alzaba sobre una colina desde la que los guardias podían ver largas distancias. En caso de un ataque desde cualquier dirección, los guardias advirtió a los ciudadanos del Cusco, quienes luego se trasladaron a la fortaleza. La fortaleza tenía tres torres principales, una para el Sapa Inca, y los otros dos para los militares. Sacsahuamán dieron agua dulce de los arroyos subterráneos, y se almacenan suficiente comida y ropa para que el asedio de la fortaleza sería inútil. Sacsahuamán era también un templo para la oración y los sacrificios.
El Coricancha sustituyó a la anterior Intihuasi construido por los anteriores Sapa incas. El templo principal, dedicado al dios Sol, Inti, fue literalmente empapeladas con hojas de oro-el "sudor del sol", y el techo estaba hecho de una mezcla de paja dorada, cañas naturales, hierbas y tallos. Había seis edificios en total, con los otros edificios creados como templos a los dioses de los incas otros principales: la luna, las estrellas, rayos truenos y arco iris. Servicios diarios y sacrificios se hicieron a los Dioses en el templo principal.
Sólo los sacerdotes y la nobleza podía entrar en el Coricancha. El Acllahuasi, la casa de las acllas, y la escuela para que los jóvenes se encuentra también en el centro de la ciudad cerca del Coricancha. Puertas vigiladas controlaban las entradas al Cuzco, y nadie podía entrar en la ciudad entre el anochecer y el amanecer. El centro de la ciudad donde los palacios se encontraban estaba reservada para el Sapa Inca, su familia, sirvientes, y los hogares de los Incas pasado Sapa. Sin embargo, cuando los principales acontecimientos religiosos se llevó a cabo, tanto los nobles y los campesinos llenaban las plazas centrales frente al palacio para ver.
La ciudad era una obra maestra del diseño, la innovación y la planificación. Tenía tres distritos principales: urbanas, suburbanas y rurales. Un jardín de bosque separaba el centro urbano de las ciudades suburbanas periféricas. Barrios o distritos divide el área urbana donde los grupos étnicos, como los pueblos conquistados desde el oeste o al norte, vivían en áreas específicas reservadas para ellos. Su ropa los distinguía de las personas de otros distritos, ya nadie se le permitía usar la ropa o los tocados de cualquier otro grupo étnico. De esta manera, los guardias sabían que pertenecía en qué distrito y se mantiene una estrecha vigilancia sobre los movimientos de los ciudadanos. Leyes impidió que la gente se mueva de su área designada a otro distrito étnico. Pueblos suburbanos, espaciados uniformemente alrededor de seis kilómetros de distancia, siempre y viviendas para los campesinos, mineros y otros trabajadores. Caminos conectado cada ciudad a sus pueblos vecinos y al centro de la ciudad.
El historiador Albert Marrin describe la ciudad: "Cuzco fue presentada en un tablero de ajedrez enorme. Sus calles eran estrechas y pavimentadas con piedra. Además, los cuatro caminos principales, uno para cada uno de las cuatro partes del imperio, comenzó en la plaza, un espacio abierto de 20 acres en el centro de la ciudad. . . . La Casa del saber y los palacios de los Incas Sapa, vivos y muertos, la plaza rodeado en tres lados. Estos edificios, hechos de bloques de piedra, muchas de ellas un peso de 20 toneladas, eran maravillas de la ingeniería. "
