La Confederación significó un intento centralizador del poder político ante el caos y anarquía imperante, es decir fue un intento de formar una gran nación andina, así como un proyecto de desarrollo capitalista.
Durante las primeras de décadas del siglo XIX la lucha entre los caudillos peruanos (liberales vs conservadores) habían debilitado la estabilidad política del Perú. Mientras tanto en Bolivia el mariscal Andrés de Santa Cruz había logrado imponer el orden. El presidente del Perú, Luis José de Orbegoso, asediado por las fuerzas de Salaverry y las conspiraciones de Agustín Gamarra, decidió solicitar la ayuda de Santa Cruz, quien aprovechó esta ocasión para poner en marcha su anhelado proyecto de la confederación. En junio de 1835, Santa Cruz y Orbegoso firmaron un pacto para establecer la confederación. Mientras tanto, Gamarra, temeroso de que Bolivia y en especial Santa Cruz tuviera una posición hegemónica en la confederación, se alió con Salaverry, quien se oponía tenazmente a la creación de la confederación. Ambos bandos se enfrentaron en una guerra civil en la que Santa Cruz y Orbegoso resultaron victoriosos. Gamarra huyó a Chile, mientras que Salaverry, derrotado en la batalla de Socabaya (Arequipa) fue fusilado el 18 de setiembre de 1836.
Después del triunfo de las fuerzas confederadas, Orbegoso y Santa Cruz convocaron a tres asambleas para oficializar la formación de la confederación.
La asamblea de Sicuani, integrada por los departamentos de Arequipa, Ayacucho, Cusco y Puno, se convirtió en el Estado Sur-Peruano. El arequipeño Pío Tristán fue designado presidente en un inicio luego fue reemplazado por Ramón Herrera.
La asamblea de Huaura, compuesta por Lima, Amazonas, Junín y la Libertad, se convirtió en el Estado Nor-Peruano. Luis José de Orbegoso asumió la presidencia.
La asamblea de Tapacarí, formada por los departamentos de la Paz y Chuquisaca, representó el Estado Boliviano, bajo la presidencia de Manuel Velasco.
El 28 de Octubre de 1836, Santa Cruz firmó un Supremo Decreto creando la Confederación Perú-Boliviana. Posteriormente se discutió la nueva estructura del nuevo Estado y la redacción de la nueva constitución en el Congreso de Tacna en 1837. Esta constitución se caracterizó por dos aspectos fundamentales. En lo político fue conservadora, pues concentró muchos poderes en el supremo protector de la Confederación, cargo que recayó en Santa Cruz. Así su período de gobierno se fijó en 10 años y podía ser reelegido indefinidamente y además elegir a los presidentes de los tres estados y a las autoridades militares. En el aspecto económico, la constitución fue liberal, pues propugnaba un libre comercio con otros países.
La formación de la confederación provocó el recelo de otros estados sudamericanos, en especial de Chile y en menor medida de Argentina. El presidente chileno Joaquín Prieto y su ministro Diego Portales consideraron que la Confederación era un peligro para el equilibrio geopolítico de la región, en especial para Chile, pues se había declarado a Arica puerto libre y se hacían concesiones a los buques que no anclaran en puertos chilenos. El fortalecimiento económico del Sur del Perú también causó incomodidad entre los hacendados de la costa Norte y los comerciantes limeños, quienes abogaban por una política proteccionista.
De esta manera se juntaron intereses económicos y geopolíticos que fueron apoyados por peruanos exiliados en Chile, como Agustín Gamarra, Felipe Pardo y Aliaga y Ramón Castilla, quienes se ofrecieron a liderar una exploración militar. Usando como pretexto el apoyo otorgado por Orbegoso al ex- presidente chileno Ramón Freire-enemigo político de Prieto, el 28 de diciembre de 1836, Chile declaró la guerra a la Confederación Perú-Boliviana. En mayo de 1837, el dictador argentino Juan Manuel Rosas se unió a esta declaratoria, pero se retiró pronto por dificultades internas.
Se mandó dos expediciones restauradoras con peruanos con la finalidad de liquidar política y económicamente a la Confederación.
La guerra culminó con la derrota de las fuerzas confederales y la caída de Santa Cruz, quien fue derrotado en la batalla de Yungay (Ancash) el 20 de enero de 1839, siendo deportado a Europa. La Confederación se disolvió y Agustín Gamarra volvió asumir el poder en el Perú.
