Topa Cusi Huallpa, hijo de Guayna Qhapaq, nació en el pueblo de Huascarquiguar o Huascarpata, al sur del Cusco, donde lo trajo al mundo su madre Mama Ragua, segunda esposa del soberano Inca. Cuando se hizo cargo del imperio no era un hombre inexperto, ya que por reemplazar a su predecesor en el Cusco durante su larga ausencia, había adquirido una extraordinaria experiencia en la administración estatal. Desde aquel día tomó el nombre de huáscar (Waskar), en recuerdo del lugar donde nació.
Inició su mandato gobernando a todo el imperio y no a la mitad como se cree. Desde un comienzo, también todos le reconocieron como Sapainca, inclusive Atahualpa (Atawallpa), quien se encontraba en los confines septentrionales del Chinchaysuyu, desde donde pidió a Huáscar el nombramiento de Incap-rantin de Quito y su área de influencia, es decir, el título de representante de Huáscar. Todo ello debió ocurrir entre 1527-1528.
Huáscar se casó con Choque Huipa Coca y a lo lado de su reinado quiso seguir aplicando la política de su padre. Fue piadoso y clemente con los que le escuchaban y obedecían, en tanto que cruel e impulsivo con los que desacataban o querían desacatar sin tener en cuenta que fueran o no sus parientes, sabía mostar tolerancia cuando las circunstancias las requerían. Los primeros años de su mandato fueron de paz y tranquilidad.
En su tiempo ya no restaba casi nada por conquistar. Las etnias que rodeaban las fronteras imperiales de conformidad a los criterios de economía política de los hanan y hurincusco no valían la pena anexarlas debido al bajísimo nivel económico-social; incorporarlas más bien significaban un tremendo gasto para el erario estatal. De ahí que solamente realizó dos expediciones, una a Pomacocha y Honda, al noroeste de Chachapoyas, encargándola a Chuquisguaman, a Tito Atauche y al Tucricut Runto de Chachapoyas.
Invadieron y conquistaron los respectivos señoríos de Pomacocha y Honda, mientras Atahualpa hacía una incursión contra los huancavilcas y punaneños que se negaban a pagar sus parías (sal y caracolas), sofocándolos con celeridad y facilidad, por lo que regresó a Quito en son de triunfo. Para invadir y conquistar el valle de Moxos envió a su hermano Manco Inca Yupanqui.
Pero su tiempo también, desde un comienzo, tuvo que dedicarlo a otras cosas: debelar sediciones y conjuras tejidas en su contra por opositores que pretendían el cargo de sapainca. Los que iniciaron la subversión en el Cusco fueron sus hermanos Chuquisguaman y Conono, quienes anhelaban colocar como sapainca a otro hermano suyo: Cusi Atauchi, hombre de estimación general en la capital del Tawantinsuyu. Pero no pudieron efectivizar nada porque el mismo Chuquisguaman, arrepentido y miedoso delató a sus hermanos. El resultado fue la veloz ejecución de Conono y Cusi Atauchi, para cortar la propagación de la conjura. Hizo lo posible para poner calma a las rivalidades existentes entre los hanan y hurincusco; pero la sublevación más tremenda que tuvo que afrontar fue la de su otro hermano, Atahualpa, quien contaba con la inclinación, afinidad y simpatía de los cayambes, carrangues, pastos y de los entrenados mitmas residentes en Quito y Carangue.
Huáscar empezó a desconfiar de todos, inclusive de los que tiempo antes llegaron al Cusco trayeron la momia de Guayna Qhapaq. Los creyó cómplices de ocultos y remotos preparativos desestabilizadores de Atahualpa; los hizo apresar y torturar para obtener declaraciones, pero al no sacar ninguna revelación ordenó matarlos. Tal actitud fue motivo para que le quitaran su confianza los hanancusco, cuyo linaje pertenecían los ejecutados, entre ellos algunos de gran influencia. Con todo esto condujo su gobierno sin brillo ni popularidad.
La guerra subversiva de Atahualpa fue provocada única y exclusivamente por las ansias de poder, una más en la historia de la etnia Inca. Para alcanzar sus designios consiguió el favor de los pastos, carangues y cayambes, aprovechando la escondida oposición de estos pueblos hacia los cusqueños, quienes años anteriores habían asesinado a sus padres y abuelos en Yaguarcocha. Los convenció para tomar la revancha y venganza por la horrenda masacre dirigida y presenciada por Guayna Qhapaq. Para lograr sus fines, adujo que su madre había sido la reina viuda de Carangue, con lo que fue factible convencerlos. También logró el apoyo de los mitmas acantonados en Quito y Carangue. La beligerencia fue declarada cuando Atahualpa se negó a viajar al Cusco, desoyendo una orden de Huáscar.
Iniciada la contienda, Huáscar confió la primera campaña a su hermano Atoc, que derrotó a Atahualpa en la batalla de Mocha, pero sin lograr hacerlo prisionero. Atahualpa prosiguiendo la lucha, ganó en la subsiguiente batalla de Ambato o Mulliambato, en la que aprendieron a Atoc. Tal acción de armas determinó que los efe tivos huascaristas fueron puestas bajo el comando del príncipe Huanca Auqui, quien sufrió reveses tras reveses en Rumichaca y Mullituro, motivando su angustiosa contramarcha a Tumebamba y Cusibamba.
Aprovechando una tregua, Atahualpa invadió y conquistó espectacularmente a los servícolas septentrionales de Quijos, Maspa, Tosta y Cosanga y poco después a los Yumbos. Lo que impulsó a Huanca Auqui para que atacara sin fortuna a lo pacamoros y huambucos, quienes lo desbarataron en los combates de Callanga y altos de Huambuco; regresó totalmente desmoralizado.
Reiniciada la lucha entre los bandos de Huáscar y Atahualpa, las victorias campales unas tras otras fueron obtenidas por los atahualpistas gracias a la destreza de sus generales Quisquis y Chalcochimac; ellos permitieron que Atahualpa avanzara triunfalmente hasta Huamachuco, donde destruyó el templo del dios Catequil y persiguió al sacerdocio de éste por haberse equivocado en sus augurios. De allí mismo hizo una expedición punitiva hasta Pipos, en Chachapoyas, debelando una sublevación. De regreso se quedó a descansar en los baños termales de Pultamarca, que se encuentra en la actual región de Cajamarca. Entre tanto sus tropas continuaban invictashasta tomar y avasallar el Cusco.
La derrota de Huáscar fue integral, hecho que coincidía con el arribo de los españoles al mando de Francisco Pizarro a Cajamarca; llacta a la que tomaron prisionero a Atahualpa.
Los mitmas radicados en Quito con los cayambes, carangues y pastos diezmaron a casi toda la familia de Huáscar y Thupa Yupanqui. Perpetraron destrozos increíbles en el Cusco; unicamente respetaron el Acllawasi y el Coricancha. De las momias incas, la de Thupa Yupanqui fue denigrada y quemada. Huáscar que había perdido en la batalla de Cotabamba fue sometido a burlas y torturas. Sus esposas e hijos eran asesinados y desmembrados en su presencia; incluso su personal de servicio. Todos los que simpatizaban con Huáscar eran perseguidos, colgados y desviscerados, exhibiendo sus cadáveres desde Jaquijaguana al Cusco. Así fue que los cayambes, carangues y pastos se vengaron de la hecatombe de Yaguarcocha.
En la forma más indigna que pueda imaginarse, Huáscar fue llevado con las manos amarradas a la espalada jalándolo por medio de cuardas atadas en su cuello para estar ante la presencia de Atahualpa.
Pero no pudo comparecer frente a él, porque el Inca ya hecho prisionero por los españole ordenó asesinarlo en el paraje de Andamarca, al suroeste de Huamachuco, en la hoy provincia de Santiago de Chuco; dicha orden fue cumplida tirando los restos mortales de Huáscar al río Yanamayo; evitando que se aliara con los españoles. Pero pocas semanas después los propios españoles lo sentenciaron a ser quemado vivo, aunque Atahualpa consiguió que se le conmutara con la del garrote, a cambio de que se bautice, ceremonia en la cual se le dio el nombre de Don Francisco, en homenaje a su padrino: Francisco Pizarro. Lo mataron en Julio de 1533, en la llacta de Cajamarca, donde sus verdugos lo enterraron en una iglesia católica que habían hecho construir. Su cadáver fue exhumado por los cayambes, carangues y pastos, los cuales, por disposición de Quisquis.
Así acabó el Imperio del Tawantinsuryu, asumiendo el mando y poder Francisco Pizarro, que con ayuda de muchas etnias que ilusoriamente se imaginaban ver en él un aliado para restaurar la autonomía de sus señoríos y reinos que antaño fueron sometidos por la etnia inca.
Sentimientos y resentimientos que el invasor hispano supo explotar sacando ventajas políticas y militares. Es que éstos no venían a liberar pueblos, sino a implementar el colonialismo y la dependencia extranjera en las tierras que fueron del Tawantinsuyu.