Fue una institución de vasallaje que cumplía funciones de dominio económico, social e ideológico sobre los naturales de América. En la práctica la encomienda consistía en el privilegio concedido por el rey de España a un determinado español de hacer trabajar a un número de indígenas en su provecho y cobrándoles un tributo. Esta prerrogativa se desprendía del concepto jurídico por el cual los indígenas fueron declarados vasallos libres del rey de España y como tales estaban obligados a pagarles un tributo. El rey cedía este tributo a los encomenderos en recompensa por los esfuerzos y gastos realizados en la conquista y colonización de los nuevos territorios incorporados a la corona española. Los encomenderos debían velar por el adoctrinamiento y el buen trato a los indígenas, pero no fue así.
Antes de la invasión del antiguo Perú, la institución de la encomienda venía funcionando en los territorios de América dominados por los españoles. Se estableció primero en las Antillas, después en México, Guatemala y Tierra firme. En el Perú la encomienda lo introdujo Francisco Pizarro; pues en las capitulaciones como la de Toledo, la reina doña Juana le otorgó facultades para encomendar indígenas. Los sucesores de Pizarro que gobernaron el Perú concedieron grandes encomiendas a sus favoritos, a los conquistadores y a quienes tuvieron participación importante en las rebeliones y guerras civiles en las filas del rey. De esta manera se formó una clase de poderosos y acaudalados personajes, algunos de los cuales mantenían soldados y dependientes como los antiguos señores feudales europeos y pretendían perpetuar este privilegio en sus descendientes; esta situación ponía en peligro la supremacía de la corona española. En 1536 se dictó una real cédula que fijaba el término de las encomiendas en dos vidas (dos generaciones). En 1542 el emperador Carlos V expidió las nuevas leyes que suspendían el servicio personal de los indígenas y prohibían encomendarlos en adelante, cualquiera que fuese el título bajo el que se lo hiciere Estas disposiciones tuvieron graves repercusiones en el Perú, produjeron la violenta reacción de los encomenderos y de cuantos pretendían lograr estos títulos, y se levantaron en armas liderados por Gonzalo Pizarro, quien hizo ejecutar a Blasco Núñez de Vela, el primer virrey que vino con el firme propósito de hacer cumplir las nuevas leyes. En adelante se repitieron estas disposiciones en las ordenanzas de 1573 y en la recopilación de las leyes de Indias en 1680; aunque en la práctica resultaron ser poco menos que letra muerta y los gobernantes tomaron al respecto una actitud más bien aleatoria. Sin embargo, la política general de la corona fue la de ir reduciendo las encomiendas poco a poco, limitando cada vez más los repartimientos de indígenas, declarándolas vacantes a la muerte de sus titulares e incorporándolas de una u otra manera al Estado hasta lograr su extinción.
Según la teoría del derecho indiano, los indígenas como personas libres debían trabajar voluntariamente por salario, pero en la realidad el servicio personal funcionó sin remuneración alguna. En este aspecto, la encomienda y la esclavitud era prácticamente lo mismo. En un primer período los servicios a los encomenderos estuvieron basados en los que los indígenas les debían tributo como vasallos y el servicio personal era considerado como parte de ese tributo. Tal es así que los encomenderos usaban a los indígenas para edificar sus casas, en el servicio doméstico, en el cultivo de las chacras, para transportar cargas en sus viajes, en las guerras, en las exploraciones o para destinarlos a trabajar forzadamente en las minas y lavaderos. A parte de todo esto los indígenas debían contribuir con el sínodo para el mantenimiento de los curas doctrineros y estaban obligados también a prestar servicios al corregidor y a sus propios curacas. Los encomenderos no solo obligaban a los indígenas a trabajos extraordinarios sino que tampoco en los dejaba en paz, ni a ellos ni a sus familiares. Las mujeres e hijas de los encomendados estaban sujetas a todos sus caprichos. Para evitar las malas consecuencias que producía estas conductas, en 1561, se dispuso, como se había hecho diez años antes, que los encomenderos se casasen dentro de los tres años inmediatos a la concesión de sus encomiendas.
Hasta 1550, el cobro de tributos por los encomenderos se realizó sin orden ni sistema alguno; los conquistadores usaron de todo cuanto podía satisfacer su voracidad. A mediados del siglo XVI había en el Perú 480 encomiendas; cuando el virrey Toledo entregó el gobierno a su sucesor en 1581, dejó registrados, 695 encomiendas con 325, 899 indígenas encomendados, cuyos tributos anuales importaban 1´506,290 pesos de oro; de las cuales 301, 258 correspondían al rey por derecho de quintos, quedando 1´205, 032 pesos de renta para los encomenderos.
Las encomiendas dieron derechos al encomendero para exigir de los indígenas tributos y servicio personal y en los últimos tiempos solamente tributo, pero no confirieron propiedad sobre la tierra.
Si los encomenderos hubiesen tenido derechos sobre las tierras de las comunidades a ellos encomendadas, el régimen colonial había cambiado sustancialmente de naturaleza, sobre todo el poder de la corona. La diferencia entre la encomienda y la posesión de la tierra se observa claramente en la naturaleza misma de su origen: los cabildos y las audiencias fueron las instituciones que tuvieron facultad para adjudicar tierras, en tanto que las encomiendas solo se concedieron con expresa autorización del rey. Pero, en la práctica, poco importó que los encomenderos no fuesen dueños de la tierra, puesto que existían otras formas de usufructuarla y en todo caso otros mecanismos para lograr su propiedad cuando fuese necesario.
A principios del siglo XVIII la encomienda había perdido su función institucional; ya no tenía objeto como apoyo militar en la acción conquistadora, tampoco tenía sentido como base y estímulo de poblamiento y asentamiento territoriales. La misión evangelizadora con la que teóricamente se hubo establecido había sido escandalosamente desvirtuada por los encomenderos. En 1701 se ordenó la incorporación al erario de todas las encomiendas cuyos titulares no residiesen en América. Dos años más tarde se ordenó que la mitad de las rentas que producían pasasen a las cajas reales, exceptuándose a los herederos de los primeros conquistadores, a las encomiendas que se concedieron por compra y a los que no sobrepasaban de una renta anual de 200 pesos. En 1707 fueron incorporadas a la corona todas las encomiendas que contaban con menos de 25 indígenas tributarios, pagándose al titular el producto de la renta, como compensación. Finalmente el 23 de noviembre de 1718, una ordenanza real declaraba oficialmente fenecida esta nefasta institución colonial que causó tanto daño e infelicidad a la población aborigen.